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杨财广研究组
杨财广研究组
 

杨财广(研究员)、张雪(研究实习员) 、倪腾凤(研究实习员)

在读博士研究生:刘桂杰、李琦、黄悦、郑桐、李家慧  

在读硕士研究生:姚洋(联培)、侯孝晨 、王子云(联培) 

已毕业博士研究生:陈报恩、刘幸、张婕、  

已毕业硕士研究生刘洪川 

基于化学生物学的新药发现研究:作为不同于遗传学技术研究蛋白质功能的选择性小分子工具,化学探针(chemical probe)是药物发现化学生物学研究的核心内容。针对重要的“可药靶”(undruggable,尚无药物可及)蛋白质,发展并正确利用化学探针,可以从分子、细胞、组织等多层面描述小分子调节这些蛋白质生物学功能的表型和作用机制,促进“可药靶”蛋白质的靶标成药性的发现与确证研究。具体研究内容例如: 

1RNA甲基化修饰关键酶的化学探针研究 

2、泛素化修饰信号通路中蛋白质相互作用的小分子调节研究 

3、新类型抗生素以及运用“非抗生素效应”控制致病菌感染的研究

 
 
 

 

1、调节mRNA甲基化修饰的化学探针研究 

mRNAm6A修饰研究开辟了表观遗传学的新方向“RNA表观遗传m6A的胞内修饰丰度受到RNA甲基转移酶、去甲基化酶以及结合蛋白质的协同调节。任何环节的扰动都会引起m6A修饰及其调控基因表达的生物学功能紊乱甚至导致疾病,例如m6A去甲基化酶FTO的过表达与代谢性疾病、肿瘤等关系密切。除了去甲基化的功能,FTO还参与了众多的蛋白质-蛋白质相互作用调控网络。高质量化学探针是研究m6A修饰及其相关蛋白质功能的重要小分子工具。课题组致力于发现调节m6A修饰关键酶功能的化学探针,已发表代表性论文包括J. Biol. Chem.2016,291, 11083-11093;J. Am. Chem. Soc.2015,137, 13736-13739;Nucleic Acids Res.2015,43, 373-384;J. Am. Chem. Soc.2012,134, 17963-17971;Nat. Struct. Mol. Biol.2012,19, 671-676等。 

2泛素化修饰信号通路中蛋白质相互作用的小分子调节研究 

SPOP是泛素连接酶E3家族成员Cul3结合底物蛋白的接头蛋白(adaptor),介导核蛋白的泛素化修饰,调控细胞功能。SPOP99%的透明细胞肾癌的肿瘤组织中过表达,并且错误定位在细胞质里,通过泛素化信号转导降解抑癌蛋白质,最终促进肾癌形成,预示SPOP是透明细胞肾癌的生物标志分子。以SPOP与蛋白质相互作用为靶标,根据SPOP识别底物多肽的分子机制,综合应用计算机辅助药物设计和药物化学优化等技术手段,获得能够与SPOP结合的小分子化合物,该化合物能抑制SPOP与底物蛋白质的结合,干预SPOP介导的调控PTENDUSP7等抑癌蛋白的泛素化修饰的信号转导通路,最终抑制肾癌细胞在体内外的生长。该项研究为SPOP能否作为透明细胞肾癌药物靶标进行了药理功能确证,为SPOP抑制剂的发现并运用于治疗肾癌指明了不同于激酶抑制剂的新方向。代表性论文为Cancer Cell,2016, 30, 474-484. 

3、抗菌感染新靶标的确证研究 

日益严峻的抗生素耐药已经成为全球性公共卫生问题。缓解抗生素危机亟需探索新靶标、新作用机制下新类型的抗菌药物的发现研究。一方面,探索替代策略(不杀菌或抑菌的非抗生素效应)控制细菌感染。首先揭示内源代谢产生的小分子化合物调节致病因子蛋白质识别靶DNA功能的生物学表型和分子机制;更进一步,探索运用化学探针抑制细菌致病因子蛋白质功能、控制感染的概念可行性。另一方面,运用小分子化合物紊乱细菌靶标的功能,联合使用经典抗生素,控制持留菌(persisters)感染。该方向的代表性研究论文包括ACS Chem. Biol.,2016, 11, 1964-1972;Proc. Natl. Acad. Sci. USA,2014,111, 13517-13522;Proc. Natl. Acad. Sci. USA,2014,111, E4981-E4990;J. Biol. Chem.2013,288, 3739-3752等。 

  

代表性论著(并列第一) 

1.Zhong-Qiang Guo, Tong Zheng,Baoen Chen, Cheng Luo, Sisheng Ouyang, Shouzhe Gong, Jiafei Li, Liu-Liang Mao, Fulin Lian, Yong Yang, Yue Huang, Li Li, Jing Lu, Bidong Zhang, Luming Zhou, Hong Ding, Zhiwei Gao, Liqun Zhou, Guoqiang Li, Ran Zhou, Ke Chen, Jingqiu Liu, Yi Wen, Likun Gong, Yuwen Ke, Shang-Dong Yang, Xiao-Bo Qiu, Naixia Zhang, Jin Ren, Dafang Zhong,Cai-Guang Yang*, Jiang Liu*, Hualiang Jiang*. “Small-molecule targeting of E3 ligase adaptor SPOP in kidney cancer,Cancer Cell,2016,30, 474-484. 

 

2.Tengfeng Ni, Fei Ye, Xing Liu, Jie Zhang, Hongchuan Liu, Jiahui Li, Yingyi Zhang, Yinqiang Sun, Meining Wang, Cheng Luo, Hualiang Jiang, Lefu Lan, Jianhua Gan, Ao Zhang, Hu Zhou,Cai-Guang Yang*, “Characterization of Gain-of-Function Mutant Provides New Insights into ClpP Structure”,ACS Chem. Biol.,2016,11, 1964-1972. 

 

3.Qi Li, Xichun Liu, Yue Huang,Jiafei Li,Jianhua Gan, HaoChen,Cai-Guang Yang*. “Rhein Inhibits AlkB Repair Enzymes and Sensitizes Cells to Methylated DNA Damage”,J. Biol. Chem.2016,291, 11083-11093. 

 

4.Tianlu Wang, Tingting Hong, Yue Huang, Haomiao Su, Fan Wu, Yi Chen, Lai Wei, Wei Huang, Xiaoluan Hua, Yu Xia, Jinglei Xu, Jianhua Gan, Bifeng Yuan, Yuqi Feng, Xiaolian Zhang, Cai-Guang Yang*, Xiang Zhou*, “Fluorescein derivatives as bifunctional molecules for the simultaneous inhibiting and labeling of FTO protein”, J. Am. Chem. Soc.2015, 137,13736-13739. 

 

5.Yue Huang, Jingli Yan, Qi Li, Jiafei Li, Shouzhe Gong, Hu Zhou, Jianhua Gan, Hualiang Jiang, Gui-Fang Jia*, Cheng Luo*, andCai-Guang Yang*.“Meclofenamic acid selectively inhibits FTO demethylation of m6A over ALKBH5”,Nucleic Acids Res.2015,43, 373-384. 

 

6.Jie Zhang, Hongchuan Liu, Kongkai Zhu, Shouzhe Gong, Shaynoor Dramsi, Ya-Ting Wang, Jiafei Li, Feifei Chen, Ruihan Zhang, Lu Zhou, Lefu Lan, Hualiang Jiang, Olaf Schneewind*, Cheng Luo*, Cai-Guang Yang*. “Antiinfective therapy with a small molecule inhibitor of Staphylococcus aureus sortase,Proc. Natl. Acad. Sci. USA.2014,111,13517-13522. 

 

7.Yue Ding, Xing Liu, Feifei Chen, Hongxia Di, Bin Xu, Lu Zhou, Xin Deng, Min Wu, Cai-Guang Yang*, Lefu Lan*,“A metabolic sensor governing bacterial virulence in Staphylococcus aureus”,Proc. Natl. Acad. Sci. USA,2014,111, E4981-E4990. 

 

8.CHEN BaoEn, GAN JianHua*, YANG CaiGuang*. “The complex structures of ALKBH2 mutants cross-linked to dsDNA reveal the conformational swing of β-hairpin, Sci. China Chem.2014,57, 307-313. 

 

9.Xing Liu, Xiaoxu Sun, Youcong Wu, Cen Xie, Wenru Zhang, Dan Wang, Xiaoyan Chen, Di Qu, Jianhua Gan, Hao Chen, Hualiang Jiang, Lefu Lan*,Cai-Guang Yang*. “Oxidation-sensing Regulator AbfR Regulates Oxidative Stress Responses, Bacterial Aggregation, and Biofilm Formation in Staphylococcus epidermidis”,J. Biol. Chem.2013,288, 3739-3752. 

 

10.Fei Ye, Jie Zhang,Hongchuan Liu, Rolf Hilgenfeld, Ruihan Zhang, Xiangqian Kong, Lianchun Li, Junyan Lu, Xinlei Zhang, Donghai Li, Hualiang Jiang*,Cai-Guang Yang*, Cheng Luo*.Helix Unfolding/refolding Characterizes the Functional Dynamics of Staphylococcus aureus Clp Protease”,J. Biol. Chem.2013, 288, 17643-17653. 

 

11.Chengqi Yi, Baoen Chen, Bo Qi, Wen Zhang, Guifang Jia, Liang Zhang, Charles Q. Li, Aaron R. Dinner, Cai-Guang Yang*, Chuan He*. “Duplex Interrogation by a Direct DNA Repair Protein in the Search of Damage”,Nat. Struct. Mol. Biol.2012,19, 671-676. 

 

12.Baoen Chen, Fei Ye, Lu Yu, Guifang Jia, Xiaotian Huang, Xueju Zhang, Shuying Peng, Kai Chen, Meining Wang, Shouze Gong, Ruihan Zhang, Jinya Yin, Haiyan Li, Yiming Yang, Hong Liu, Jiwen Zhang, Haiyan Zhang, Ao Zhang, Hualiang Jiang, Cheng Luo* and Cai-Guang Yang*. “Development of Cell-active N6-Methyladenosine RNA Demethylase FTO Inhibitor”,J. Am. Chem. Soc.2012,134, 17963-17971. 

 

13.Jing Deng, Ning Li, Hongchuan Liu, Zhili Zuo, Ai Ow Liew, Weijun Xu, Gang Chen, Xian Kun Tong, Wei Tang*, Jin Zhu, Jianping Zuo, Hualiang Jiang, Cai-Guang Yang*, Jian Li*, Weiliang Zhu*. “Discovery of Novel Small Molecule Inhibitors of Dengue Viral NS2B-NS3 Protease Using Virtual Screening and Scaffold Hopping”,J. Med. Chem.2012,55, 6278-6293. 

 

14.Jie Zhang, Fei Ye, Lefu Lan, Hualiang Jiang, Cheng Luo*, Cai-Guang Yang*. “Structural Switches of Staphylococcus aureus Clp Protease: a key to understanding protease dynamicsJ. Biol. Chem.2011,286, 37590-37601. 

 

15.Chun-Xiao Song, Yao Sun, Qing Dai, Xing-Yu Lu, Miao Yu,Cai-Guang Yang*, Chuan He*. “Detection of 5-Hydroxymethylcytosine in DNA by Transferring a Keto-glucose by Using T4 Phageb-glucosyltransferaseChemBioChem2011,12, 1682-1685. 

 

16. Hao Chen*, Chengqi Yi, Jin Zhang, Wenru Zhang, Zhiyun Ge, Cai-Guang Yang*, Chuan He*. “Structural Insight into the Oxidation-sensing Mechanism of the Antibiotic Resistance of Regulator MexREMBO Rep.2010,11, 685-690. 

 

17.Baoen Chen, Hongchuan Liu, Xiaoxu Sun, Cai-Guang Yang*.Mechanistic Insight into the Recognition of Single-stranded and Double-stranded DNA Substrates by ABH2 and ABH3Mol. BioSyst.2010,6, 2143-2149. 

 

18.《化学生物学学科前沿与展望》,第26抗菌药物作用靶标发现及其先导化合物设计,科学出版社,647–675页,2013年。 

 

19.《中国学科发展战略·化学生物学》,第10化学合成生物学,科学出版社,272–290, 2015年。 

 

 

实验室装备分子生物学、蛋白质表达纯化、蛋白质晶体学、细胞生物学以及有机合成化学的基本仪器设备。

 

     

在研课题: 

1、国家自然科学基金国际合作与交流项目,81661138004FBLD技术平台在抗菌新药研究中的应用,2016/07-2019/06,主持。 
2、国家自然科学基金面上项目,21672234m1A去甲基化酶ALKBH3的小分子调控研究,2017/01-2020/12,主持。 
3、国家重点研发计划蛋白质机器与生命过程调控重点专项,2016YFA0501500,信号转导过程中蛋白质机器的活细胞标记与在体调控,2016/07-2021/06,参加。 
4、973项目,2015CB910603RNA表观遗传对DNA损伤修复调控机制,2015/01-2019/12,参加。 
5、国家自然科学基金面上项目,21372237RNA去甲基化酶的作用机制和抑制剂研究,2014/01-2017/12,主持。

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