2017《红烧肉中的美拉德反应》被评为2016年全国优秀科普微视频
2017上海药物研究所《红烧肉中的美拉德反应》（主创人员：蒋华良）荣获中国科学院十大优秀科普微视频
2020“全国抗击新冠肺炎疫情先进个人”称号
2017“国家1.1类新药盐酸安妥沙星”国家技术发明奖，二等奖
2015“国家1.1类新药盐酸安妥沙星”上海市科学技术奖，一等奖
2010国家自然科学基金委员会第十三届化学科学部专家评审组成员（任期两年）
20102010年度中国科学院“优秀研究生指导教师”奖
2009第七届上海市自然科学牡丹奖
2008国家自然科学基金委员会第十二届专家评审组成员
2008“蛋白质研究”重大科学研究计划“基于蛋白质结构与相互作用的计算生物研究”项目首席科学家
2008中国人民政治协商会议第十一届全国委员会委员
20082008年度中国科学院“朱李月华优秀教师”奖
20082008年度中国科学院“优秀研究生指导教师”奖
2007“常染色体显性多囊肾病的发病机制和临床诊治”上海市科学技术进步奖，一等奖
20072007年度中国科学院“优秀研究生导师”奖
20072007年度何梁何利基金科学与技术进步奖（医学、药学奖）
2007“重要药理作用的靶标动力学行为与功能关系研究及其药物设计”国家自然科学奖，二等奖
2004国家八六三计划生物和现代农业技术领域生物信息技术主题专家组成员
2004中科院上海药物研究所药物发现与设计中心评为上海市2001-2003年度劳模集体
2002国家八六三计划生物和现代农业技术领域信息技术主题专家组成员
2003全国防治非典型肺炎优秀科技工作者
2003“手性强效镇痛剂（手性阿片受体选择性配体）的化学与生物学研究”上海市科学技术进步奖，二等奖
2003“第八届上海市科技精英”称号
2003“基于超级计算机的生物大分子模拟、高通量虚拟筛选及相应化学和生物学研究”上海市科学技术进步奖，一等奖
2002国家重点基础研究发展计划“基于生物信息学的药物新靶标的发现和功能研究”项目首席科学家
2000第五届“中国青年科学家奖”（生命科学）
1999政府特殊津贴证书（科学技术事业）
1999“上海市新长征突击手”称号
1999中国科学院青年科学家奖，二等奖
2003"基于超级计算机的生物大分子模拟、高通量虚拟筛选及相应化学和生物学研究"上海市科学技术进步奖，一等奖
1998第六届中国青年科技奖
1997“基于蛋白质和核酸三维结构知识的药物设计”中国科学院自然科学，二等奖
19951995年院长奖学金优秀奖
2003测试-全国防治非典型肺炎优秀科技工作者
