上海药物所坚持面向新药创制的基础研究定位，不断开展高水平基础研究，提升原始创新能力，基础研究取得丰硕成果。近十年，研究成果发表Science文章9篇、Nature文章25篇、Cell文章11篇，发表Cancer Cell、Immunity、Molecular Cell、Nature Chemistry、Nature Nanotechnology等子刊文章87篇，在领域知名期刊Journal of the American Chemical Society、Angewandte Chemie-International Edition、Proceedings of the National Academy of Sciences、Advanced Materials、Acta Pharmaceutica Sinica B、Journal of Medicinal Chemistry上发表文章500余篇。其中，新靶点、新机制文章400余篇，新分子实体领域文章160余篇，新方法、新技术领域文章逾60篇。

             主导测定10余种与免疫、神经、代谢性疾病等密切相关的晶体结构，实现了我国GPCR结构解析零的突破，G蛋白偶联受体研究位列全球前三。