2005年10月26日，上海药物研究所与美国葛兰素史克（GSK）公司签署合作协议

2007 年3 月，“知识创新工程”重大项目《创新药物研究开发与药物创新体系建设》顺利完成并通过验收

2007年3月8日，GSK研发总裁Moncef Slaoui博士（左）向药物研究组合化学实验室负责人、上海药物所副所长沈竞康研究员（右）颁发十年合作纪念奖牌

2007年，上海药物所与阿斯利康公司合作建成了我国第一个获得OECD多国GLP认证的新药安全评价研究中心；2008年，安评中心通过激烈竞争，成为国家重大科技专项“重大新药创制”遴选支持的药物安全性评价（GLP）专项平台

2008年3月，安评中心成为重大专项支持建设的专项平台中第一个获得发达国家多个成员国国际认证的技术平台，这是我国新药研发平台体系建设取得的一项标志性成就

2008年6月，上海药物所中药标准化技术国家工程实验室经国家发改委正式获批建设，是国家发改委首批批复的工程实验室之一

2008年8月，“重大新药创制”专项启动实施；并申请获准了“综合性大平台”等5大类共43个项目，成为承担重大专项研究任务最多、完成最好的单位之一

2009年5月31日，由上海药物所研制的一类创新药物“盐酸安妥沙星”研究成果新闻发布会在京举行

2010年3月，上海药物所海科路园区（海科路501号）顺利建成