当时研究的中草药有麻黄、莽草、曼陀罗、延胡索、钩吻、贝母、除虫菊、细辛、防己、雷公藤、三七、大戟、常山等数十种。

赵承嘏带领高怡生等，与药理学家张昌绍、陈克恢等人合作，研究常山的抗疟有效成分。他们从常山中分离到3种在一定条件下可以相互转化的异构体，并发现常山丙碱的抗疟作用为奎宁的148倍。这一研究成为20世纪40年代的世界常山抗疟热潮研究中的“高峰”，赵承嘏等人关于常山碱化学研究的论文发表于《美国化学会志》（Journal of the American Chemical Society），张昌绍等药理学研究论文发表于《自然》（Nature）和《科学》（Science）。

1949年以前，药物研究所主要着重中药的研究，对几种重要的中药，如：麻黄、细辛、贝母、延胡索、常山等的化学成分及药理性质等（药理方面工作由有关单位合作进行）都进行过系统研究，相关研究刊登在1953年第八期的《科学通报》上。

抗战胜利后，由于中法大学中断了办所经费，员工工资只能靠他的私人积蓄发放。抗战期间，吴有训先生将当时亚洲唯一的钴60放射源存放在武康路药物所内，日本占领军曾千方百计寻找此物未得。赵承嘏所长的坚韧与执着使得药物所在风雨飘摇中顽强生存了下来，他作为中国药用植物化学的先驱者，无愧为一位杰出的爱国科学家。