药物研究所在经历“文化大革命”后，于二十世纪七十年代后期步入整顿、恢复期。

研究所贯彻中国科学院“侧重基础、侧重提高，为国民经济和国防建设服务”的办院方针，制定研究所八年科技发展规划（1978~1985），以研究生物活性物质的结构与功能以及两者相互关系为主要方向。开展生物活性物质的研究，包括内源性及外源性物质，具有一般生物学意义或具有重大医疗价值的活性物质，从而发展天然产物化学及细胞分子药理学。 

研究所整顿和创建了正常的科研工作秩序；按照学科发展，调整科研机构、健全重大科研成果产出机制；在保持应用性研究优势的同时，有重点地加强基础和应用基础方面的研究；清理和调整了部分课题；选拔一批具有较高业务水平的科技人员担任研究室和课题组的领导；广泛开展学术交流，各研究室建立学术小组。与此同时，重新启动国际交流与合作，国际学术往来大幅度回升。

这一时期的中国科学院药物研究所经历了两次归属变更。1970年，研究所由科学院下放至上海市，划归地方领导，更名为“上海药物研究所”；1978年，研究所重回中国科学院，实行科学院和上海市双重领导，更名为“中国科学院上海药物研究所”。 

高速液相色谱法是二十世纪七十年代国际上先进的分析分离技术，当时只有美、英、日、西德等少数几个国家有商品仪器出售。为了能为科研工作创制必需的先进仪器设备和常规仪器设备，上海药物所自力更生，启动高速液相色谱仪研制工作并取得成功。

高速液相色谱仪

1974年，上海药物所试制成功我国第一台自制高速液相色谱仪，填补了国内空白。该仪器主要由高压恒压气动泵、紫外检测器（254nm）、层析柱、进样器及自动收集器等组成，可广泛应用于药物、石油、化工、环境卫生、农药、食品等领域的分离、分析工作，并于1974年通过鉴定。当时研究所共制造了7~8台，分别供植物化学室、合成化学室、第五研究室等实验室使用，并支援了中国科学院云南热带植物研究所及公安部二所各一台。

多性能高速液相色谱仪

继1974年试制成功第一台高速液相色谱仪后，上海药物所又试制成功由高压气动泵、紫外（对数）和示差折光两种检测器、层析柱、进样器以及梯度淋洗装置等组成的多性能高速液相色谱仪。该仪器既能做微量分析又能做制备分离，其技术性能与国际上杜邦830高速液相色谱仪相当，于1976年通过技术鉴定。该仪器由当时一机部四川分析仪器厂生产。

高速液相色谱仪与多性能高速液相色谱仪研制工作的相继成功，其成果荣获了1978年全国科学大会奖。

WGYS-1型微型高速液相色谱仪

上海药物研究所于1978年底试制成功的WGYS-1型微型高速液相色谱仪由双螺旋高压泵、进样器、直径1毫米内径层析柱、紫外检测器（样品池体积1.4微升）组成，流量范围10~100微升/分钟，可用于液相-质谱联用仪中传动带接口。该研究1979年通过技术鉴定，填补了国内空白，1980年获上海市重大科研成果二等奖。