原创新药研究全国重点实验室前身为新药研究国家重点实验室，依托中国科学院上海药物研究所建设，1990年被批准对外开放。实验室以出新药为目标，研究方向为:(1)药物研究的新方法和新技术发展;(2)药物作用新靶标、新机制和新标志物的发现和功能确证;(3)药物先导化合物的发现与优化;(4)针对重大疾病的新药研发。四个研究方向紧密联系、相互衔接，在充分发挥多学科交叉研究的优势与特色的基础上，建成了高效、健全的全链条式的候选新药研发科学与技术体系，形成了特色鲜明的优势方向。2001-2016年，连续四次在国家重点实验室评估中被评为优秀。

拓荒创建(1984-1995)

为支持基础研究和应用基础研究，国家从1984年起组织实施了国家重点实验室计划。1987年在谢毓元院士的带领下开始筹建实验室，1989年获得世界银行“重点学科发展项目”资助，1990年10月被中国科学院批准对外开放，并被遴选为世界银行“重点学科发展项目”的示范实验室之一，1995年通过国家验收，正式进入国家重点实验室计划体系。

初露锋芒(1996-2007)

在建立之初，实验室凭借扎实的工作和出色的成绩，得到了媒体的高度关注。1998年6月，世界银行电视摄制组拍摄了实验室从我国传统中草药和天然产物中研究开发新药的主要过程，纪录片在环球联络电视教育网上向全世界播放。

中国科学院“知识创新工程”试点工作和科技部关于国家重点实验室管理规定的实施，给实验室带来了新的发展机遇。特别是2003年随药物所东迁张江后，实验室快速发展。2004年被科技部授予“国家重点实验室计划先进集体”称号，并获金牛奖。实验室逐步成为国家药物研究创新体系的重要组成部分，在本学科领域中逐步确立了优势地位。“973计划”实施以来，产生的研究成果引起了科技界的高度重视，药物分子设计技术和靶标发现技术被确定为我国发展的关键生物技术。

被科技部授予“国家重点实验室计划先进集体”称号，并获金牛奖(2004年)

开拓奋进(2008-2020)

2008年，国家设立国家(重点)实验室专项经费，标志着国家重点实验室工作进入了新的发展阶段。“重大新药创制”科技重大专项和中国科学院战略性先导专项的实施使化学创新药物研发平台体系得到完善提升，成为先进的药物创新载体。针对严重危害人民健康的重大疾病，重点开展新药发现和临床前研究，在个性化新药研发、新靶标发现、关键技术平台等方面取得了一系列创新成果，产生了显著的社会和经济效益。

实验室高度重视国家重点实验室之间的交流与合作。2011年发起一年一度的药学领域国家重点实验室交流年会;2018年牵头发起成立药学领域国家重点实验室联盟，搭建协同创新平台，成员包括学科类、企业类、省部共建类32家国家重点实验室，时任主任李佳研究员担任首届联盟理事会理事长。

新药研究国家重点实验室发展规划研讨会(2017年6月1日，海门临江)

新的征程(2021-至今)

国家“十四五”规划纲要明确提出重组国家重点实验室，“建立健全以国家实验室为引领、全国重点实验室为支撑的实验室体系”被明确写入2021年起施行的《中华人民共和国科学技术进步法》。实验室提升定位，在原新药研究国家重点实验室基础上，整合中国科学院受体结构与功能重点实验室和上海药物所的优势队伍，依托上海药物所的优势平台支撑，优化调整研究方向，组建原创新药研究全国重点实验室，突出“原创”，面向人民生命健康、科技自立自强的国家重大需求，攻克新药创制关键核心技术，提高药物靶标确证效率，产出原创候选新药，满足重大慢性复杂性疾病和新发突发传染病的临床急迫用药需求，提升我国新药创制原始创新能力。2022年6月27日，实验室作为中国科学院首批24个重点实验室之一获中国科学院批准建设，2023年3月15日获科技部批准建设。