【 上海药物研究所目前拥有四个实验动物设施，分别位于祖冲之路园区4号楼、海科路园区3号楼（包含有GLP设施与非GLP设施）、4号楼以及金科路园区化合物样品库动物设施4楼，面积分别为3000m2，7500m2，3500m2和700m2，总面积为14700m2。取得了上海市科学技术委员会颁发的实验动物生产许可证SCXK（沪）2020-0005，许可范围：SPF级小鼠、大鼠，普通级猴；实验动物使用许可证SYXK（沪）2020-0042，许可范围：SPF级小鼠、大鼠，清洁级小鼠、大鼠、地鼠，普通级豚鼠、兔、犬、猴；并获得了国家重点保护野生动物驯养繁殖许可证。实验动物使用与管理程序整体通过了国际AAALAC认证。
其中祖冲之路设施内主要开展治疗恶性肿瘤、心脑血管疾病、神经精神性疾病、代谢性疾病、自身免疫性疾病的动物实验研究。海科路501号3号楼设施主要开展药物安全性评价研究、药物代谢研究、中药现代化、药物筛选等研究。以及特色模型动物狨猴的繁育，及食蟹猴的实验等；4号楼1楼主要开展治疗恶性肿瘤、中药现代化、自身免疫性疾病的动物实验研究，2楼并进行疾病模型动物的隔离器保种、胚胎冷冻等工作。金科路园区动物设施则主要开展药物筛选等研究。
祖冲之路园区实验动物设施
该设施位于祖冲之路555号园区内，共三个层面，3000 m2，进行小鼠的生产繁育，小鼠、大鼠、地鼠、豚鼠、兔的饲养实验。主要开展治疗恶性肿瘤、心脑血管疾病、神经精神性疾病、代谢性疾病、自身免疫性疾病的动物实验研究。
海科路园区3号楼实验动物设施
该设施位于海科路501号园区内，共五个层面，7500 m2，进行狨猴的生产繁育，小鼠、大鼠、地鼠、豚鼠、兔、犬、猴的饲养实验。主要开展药物安全性评价研究、药物代谢研究、中药现代化、药物筛选等研究。另开展特色模型动物狨猴的繁育，及食蟹猴的实验等。
海科路园区4号楼实验动物设施
该设施也位于海科路501号园区内，共一楼和二楼两个层面，3500 m2，进行SPF级小鼠的生产和使用，主要开展治疗恶性肿瘤、中药现代化、自身免疫性疾病的动物实验研究，并进行疾病模型动物的隔离器保种、胚胎冷冻等工作。该设施内引进了国内外先进的设备，如笼盒笼架清洗机、脉动真空灭菌器、过氧化氢气雾消毒器、进口IVC、纯水系统等。
国家化合物库实验动物设施
该设施位于金科路3728号5号楼四楼，700 m2，使用许可证号：SYXK（沪）2015-0027，许可范围：SPF级：小鼠、大鼠。主要开展药物筛选等研究。