1955年8月，《中国科学院研究生暂行条例》由周恩来总理签发后颁布实施，宣告了中国科学院正规研究生培养工作的开始，也标志着我国正规研究生培养制度的开始。1955年，中国科学院招收了第一届72名研究生，与之同步，中国科学院上海药物研究所（以下简称“上海药物所”）开启研究生教育并招收了1名研究生。1955年至1965年，上海药物所共培养22名研究生。“文革”期间，中国科学院和各研究所的研究生培养工作一度中断，1978年“文革”结束后恢复。1981年，上海药物所被国务院学位委员会批准为首批有机化学专业、药理学专业硕士、博士学位及微生物学专业硕士学位授予单位。1994年被国务院学位委员会批准为“开展自行审定、审批博士生指导教师”的试点单位。1998年被中国科学院批准为博士生重点培养基地。

　　2000年，经国务院学位委员会批准，上海药物所获批药学（专业代码：0780）一级学科硕、博士学位授权点，涵盖药物化学（专业代码：078001）、药剂学（专业代码：078002）、药物分析学（专业代码：078004）、药理学（专业代码：078006）四个二级学科。2004年获批自主设置二级学科“药物设计学（专业代码：0780Z1）”的硕、博士学位授权点。2010年获批药学硕士专业学位（专业代码：1055）授权点。2018年获批中药学（专业代码:0781）一级学科硕士学位授权点，设置中药药理学、中药化学、中药制剂学、中药分析学、临床中药学五个研究领域。1978年9月年至2020年9月，上海药物所累计培养研究生2014人，其中，硕士647人，博士1367人。上海药物所是中国科学院大学（2012年由中国科学院研究生院更名为中国科学院大学）药学一级学科和中药学一级学科建设和评估牵头单位。