北平研究院的良好发展势头由于“七七事变”，北平沦陷而中断，1938年被迫南迁昆明。而在上海，药物所开始还以中法大学名义留在法租界内继续工作。至1941年12月太平洋战争爆发，上海租界沦陷，滞留在法租界的药物所也被迫停止工作。此前由于赵承嘏的多年经营，药物所拥有精良的仪器设备，在远东地区也颇负盛名。对此日本人觊觎已久，研究所遭到日本宪兵的搜查。为保护仪器设备，赵承嘏多次被日本宪兵司令部传讯，他均无所畏惧，设法将全部仪器保护起来。期间同在福开森路395号的镭学所，一台价值千磅的感应电炉被日本宪兵扣压，赵承嘏不顾个人安危，邀法国公董局官员共同出面，以法国财产的名义与日本人力争，使得已到码头待运的仪器保留了下来，显示了一个爱国学者的凛然正气。

　　从1938～1941年，赵承嘏分别与梅斌夫、朱任宏、朱恒璧、陈克恢、朱子清等合作，继续对国产药材进行化学及药理学研究，包括细辛、三七、钩吻、大戟、羊角藕、蚯蚓、黄藤、菜虫药（雷公藤）、常山等，同样取得了令人瞩目的成就，在《美国化学会志》、《德国化学会志》、《中国生理学会志》等刊物发表论文10余篇。还受司法行政部法医研究所委托，对黄藤、菜虫药两种药材进行检验；与卫生署中央卫生实验院合作研究中药常山的抗疟作用，取得重要成果。

　　1944年夏，汪伪政权一度派员接管药物所和镭学所，但好景不长，不久便因维持不下去，草草收场。之后赵承嘏封闭了两个所的全部研究室和物品，直到抗战胜利，两个所重回北平研究院。由于身处汪伪政府的核心城市，他因此背负了教育汉奸的嫌疑。这影响了他1947年中央研究院院士的选举。赵承嘏获得北京大学、中国药学会、中国化学会、北平研究院的提名，并通过选举筹备会的初步审查。1947年10月15～17日，中央研究院第二届评议会第四次年会举行，赵承嘏进入到152人名单，但大会对初审通过的院士候选人做进一步审查时，本着从严把关宁缺勿滥的态度，化学组删去了萨本铁（曾参加伪北京大学）与赵承嘏。这些不公正的待遇没有影响赵承嘏的心情和科研工作的热情。

　　抗日战争胜利后，我国社会和经济发展没有好转，反而急剧恶化，药物所又进入举步维艰的日子。即使在这样艰难困苦的条件下，赵承嘏及其领导的药物所依然作出了举世瞩目的成就。赵承嘏带领助手高怡生等，与药理学家张昌绍、陈克恢先生等人合作，继续研究常山的抗疟有效成分。他们从常山中分到3种在一定条件下可以相互转化的异构体，并发现常山丙碱的抗疟作用为奎宁的148倍。这一研究成为20世纪40年代的世界常山抗疟热潮研究中的“高峰”，赵承嘏等人关于常山碱化学研究的论文发表于《美国化学会志》（J. Am. Chem. Soc.），张昌绍等药理学研究论文发表于《自然》（Nature）和《科学》（Science），足见当时这一研究的水平之高。通过这一研究，还培养了高怡生院士和周廷冲院士等一流的化学和药理学人才。

　　图1 1936年，司法行政部法医学审议会成立大会（赵承嘏：第一排右二）

　　图2 常山

　　赵承嘏攻读的是有机合成学位，初期研究的主攻方向也是有机合成，为了挖掘我国中草药这一宝库，他放弃有机合成专长，转用化学手段研究中草药有效成分。但他对于中国药学发展的思考是全方位的，其深刻地意识到，天然产物的结构改造和合成药物已经成为国际药物研发的主流，中国药物的发展道路也必须走这条道路。因此，中国药学的发展需要有机合成的人才。常山抗疟作用课题告一段落后，赵承嘏建议高怡生前往英国留学，主攻有机合成。1948年，高怡生获得英国文化委员会资助，进入英国牛津大学深造，师从与赵承嘏同出曼彻斯特大学小潘金师门的著名有机化学家、1947年诺贝尔化学奖获得者罗伯特.鲁滨逊（Robert Robinson）教授，进行天然产物全合成研究。 

　　图3 赵承嘏在实验室

　　1949年春，上海解放在即，李石曾来到药物所，告诉赵承嘏船已经准备好，要把药物所转移去台湾。当即遭到赵承嘏的断然拒绝，他对李石曾说：这些设备不能拆，不能搬。因为赵承嘏坚信内战结束后，国家安定，科学事业会有新的发展机会，而药物所是他决心终身工作的场所，他绝不会离开。直到全国解放前夕，药物所仅剩4人，经费无以为继，工资发不出，每人每月只有一块银洋维持最低生活，赵承嘏设法与光明药厂合作，仍艰难支撑着药物所，直到新中国成立。由于赵承嘏的坚守，药物所的血脉保存了下来；由于赵承嘏的坚持，药物所得以留在祖国大陆。他终于迎来了为“寻找治疗疾病的新药，为人民解除病痛”的理想继续奋斗的新时代。