蒋华良出生于江苏省武进县农村，自小就热爱学习，天性聪慧，成绩优良。徐迟的报告文学《哥德巴赫猜想》激发了他对数学的兴趣，于是在初中期间自学了高中数学，并在高中期间自学了高等数学。1983年，在中学老师的劝说下，他考取了南京大学化学系，走入了一个全新的世界。
大学毕业后在常州化工研究所工作的两年期间，蒋华良不断思考和寻找自己兴趣爱好（数学和物理）与所学学科（化学）之间的结合点，高兴地发现在化学学科中还有理论化学和计算化学的分支。1989年，他考取华东师范大学研究生，攻读量子化学硕士学位。1990年，他在济南参加第三届全国量子化学会议，遇见了著名药物化学家嵇汝运院士，并听取了陈凯先院士关于药物设计的大会报告，自此他有了终身奋斗的目标：将自己所学到的有机化学和理论化学知识用于药物研究。1992年，他考取中国科学院上海药物研究所，师从嵇汝运院士和陈凯先院士，从事药物设计方法发展和应用研究。1993年，药物所实验室的计算机设备安装后，为了延长工作时间，他以实验室为家，持续五年地通宵达旦地工作。1995年取得博士学位时，蒋华良已发表了10多篇论文，博士毕业论文被评为中国科学院优秀论文。
1995年6月 ，蒋华良向专家介绍计算机辅助药物设计工作。（后排右一：蒋华良，右三：陈凯先）
1998年，蒋华良（前排右）与导师嵇汝运院士（前排左）及师兄弟们
1997年他获得国家自然科学基金委杰出青年基金的资助。2001年，他分别担任国家863计划、国家基础研究重大研究计划“蛋白质科学重大基础研究计划”、国家自然科学基金委“基于化学小分子探针的信号转导过程研究”重大研究计划、国家自然科学基金委“生物大分子动态修饰与化学干预”重大研究计划等科学计划的专家组成员，参与了多种生命医药国家战略规划的研究和制定，他深刻地体会到我国生物医药科技创新的薄弱，立志要为我国的生命医药发展作出应有的贡献。在2007年度国家科学技术奖励大会上，蒋华良和他的研究小组以“重要药理作用的靶标动力学行为与功能关系研究及其药物设计”获得国家自然科学奖二等奖。
