2003年抗击SARS期间，蒋华良带领实验室的科研人员全面投入到寻找抗SARS药物研发科研项目攻关中。为了获得抗SARS药物研究的蛋白质样品，蒋华良和他的团队连续工作三昼夜，率先在国际上成功表达了SARS重要蛋白，获得了一条可能的SARS感染途径，并发现了一批有效的抗SARS病毒化合物。2003年被评为“全国防治非典型肺炎优秀科技工作者”。
在新冠疫情爆发之初，蒋华良先生牵头组建了抗疫联合攻关团队，全力开展抗新型冠状病毒药物研发。在疫情形势异常严峻之期，他先后两次逆行武汉，在抗疫一线组织开展抗新冠病毒药物临床研究工作。2020年，蒋华良荣获“全国抗击新冠肺炎疫情先进个人”称号，但他表示这份荣誉并非个人的，而是属于参与联合攻关的全体团队成员的。对于蒋华良而言，疫情仍在继续，加快药物研究，尽早研发出特效药物才是当务之急。蒋华良院士团队与饶子和院士团队联合攻关，快速测定新型冠状病毒3CL水解酶高分率晶体结构，并毫无保留地向全世界公开研究成果，期望凝聚全球范围内的力量共克时艰。他带领团队发现了一批抗新冠病毒的活性分子和中成药，成为我国抗新冠病毒I类获批新药VV116、候选新药SSD8432和FB2001等的主要发明人之一。
2011年5月“大上海保卫战”期间，抗疫攻关联合团队部分成员在祖冲之路园区1号楼2楼会议室
讨论民得维 （VV116）临床试验结果时合影（左起：徐华强、蒋华良、丁健、宁光、沈敬山）
