专家咨询委员会由药学领域的院士和知名专家担任，委员名单由理事会讨论通过，理事长聘任。咨询委员会工作职责是：

（一）为联盟学术会议的举办提供学科发展的战略报告；

（二）为联盟组织国家重大项目计划提供咨询意见；

（三）受理事会委托，为联盟成员制定战略发展规划提供咨询意见。