上海药物研究所是国务院批准的首批建立博士后科研流动站的单位，建站学科为化学、药学。1986年以来，先后有450余位博士学位获得者经全国博士后管委会批准进站工作，其中40余人在国外取得博士学位，目前已有300余人出站。多人次获国家、上海市和中国博士后科研基金资助。在站及出站后发表论文2000多篇，取得多项专利和新药证书。他们中的大多数人已成为这一领域的学科带头人，部分已经走上了单位的领导岗位。
中科院的创新工程，除了知识创新，还包括体制和机制的创新。在博士后工作中，我们注重革新观念，突破原来的博士后管理中制度的束缚，鼓励竞争，在竞争中促进博士后和博士后导师的共同发展。在博士后制度上，逐渐与国际惯例接轨。另外，对博士后制度本身不断进行反思，把博士后培养与国家的需求和上海市经济的发展紧密结合，凸显以市场为导向和目的的企业博士后作用，加大企业博士后招收力度，先后与太极集团、华神集团、复星实业、张江科技、养生堂、浙江嘉兴高技术园区、扬子江药业、上海医药集团、华源集团、西安东盛集团等40余家全国性或地方性生物医药企业建立了联合培养博士后的协议，并顺利招收50多名博士后研究人员开展工作，且其招收比例在逐年扩大。