中国科学院上海药物研究所（以下简称“上海药物所”）研究生培养工作开始于1955年，1981年经国务院学位委员会批准，获得首批有机化学和药理学硕士、博士学位及微生物学硕士学位授予权。1994年被国务院学位委员会批准为“开展自行审定、审批博士生指导教师”的试点单位。1996年，在国务院学位委员会组织的全国有机化学博士学位论文抽查评比中，我所名列第二。1998年被中国科学院批准为博士生重点培养基地。2000年经国务院学位委员会批准，获得药学一级学科硕士、博士学位授予权。2010年获批药学硕士专业学位授予权。2018年获批中药学一级学科硕士学位授予权。

截至2021年8月底，上海药物所共培养国科大学籍研究生2260人，联合培养研究生927人。现有在岗研究生导师148人，其中博士生导师88人。在读学生总数1848人，其中国科大学籍研究生814人，联合培养研究生1034人（含分支学院）。上海药物所逐步发展成为学科布局齐全、研发体系完备、科研成就卓著、名家大师荟萃、优秀学子辈出、在国内外享有较高声誉和影响力的研究机构。药学学科下的药理学和毒理学方向进入ESI全球排名前1%行列。在全国第四轮学科评估中，药学学科名列前茅，取得A+的优秀成绩。

2016年以来，药学和中药学科按照“一流学科”的建设方案，以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，紧扣中科院“三个面向、四个率先”的办院方针，坚持“科教融合、育人为本、协同创新、服务国家”的办学理念，不断完善课程建设和育人体系，培养从事基础研究生和新药研发的高层次人才；加大高素质人才引进和培养力度，凝聚一支顶尖科研团队和教师队伍，成为科研和教育的人才高地；突破关键核心技术，持续创制重大新药，成为我国原创新药产出的战略力量；实行机制体制创新，促进成果转移转化，成为支撑我国医药产业发展的火车头；坚持价值引领，凝练“新药文化”，成为科学家精神的倡导者和实践者；加强国际交流与合作，服务国家“一带一路”战略，打造高端科技型留学生教育品牌。在拔尖人才培养、高素质教师队伍、科技创新能力、服务经济社会、传承创新文化、国际合作交流等方面实现了新的跨越提升。