2015 年以来，上海药物所不断探索促进科技成果转化的机制体制改革举措，促进成果转化实质性提速，成为20家“中央级事业单位科技成果使用、处置和收益管理改革”试点单位中的先进典型。

2015 年－ 2018 年上海药物所共转化 38 项科技成果，合同总金额 28.8 亿元。2016 年，知识产权转化运用到账经费总额位列中科院第一；

2018 年，全所成果转化合同额占中国科学院成果转化合同总额的 23%，其中以许可和转让方式转化的项目占中国科学院 74%。成果转化合同金额及到账收入居于全国高校及科研院所前列。

完善成果转化管理流程，根据创新药物研发特点，制定了符合了比例灵活可选的收益分配方式，并充分考虑对退休人员和离职人员的奖励，激发科研人员新药研发及转化热情；

支持科研人员与国内外高校、研究机构、企业合作开展创新药物研发，进一步促进新药研发产出效率； 鼓励科研人员自主创业，成立项目孵化公司，拓宽科技成果转化路径；

鼓励临床前技术平台延伸创办技术服务公司，提升各平台技术服务能力。