中国科学院上海药物研究所研究生培养工作开始于1955年，是中国科学院研究生培养工作开展最早的单位之一。1981年被国务院学位委员会批准为首批有机化学专业、药理学专业硕士、博士学位及微生物学专业硕士学位授予单位。在研究生培养工作中，我所始终坚持高标准，严要求，力求向国际一流水平看齐，不断完善研究生培养工作，培养质量逐渐提升，受到国内外同行的好评。1994年被国务院学位委员会批准为“开展自行审定、审批博士生指导教师”的试点单位。1996年，在国务院学位委员会组织的全国有机化学专业博士学位论文抽查评比中，我所名列第二。1998年被中国科学院批准为博士生重点培养基地。2000年经国务院学位委员会批准，获得药学一级学科博士学位授予点。

数十年来我所已招收研究生共1500余名，已有1100余名研究生毕业并获得学位，其中获得博士学位的700余名，硕士学位的400余名；目前在读研究生500余名，其中博士生200余名。药物所现有研究生导师126名，其中博士生导师79名。广大研究生在导师的指导下活跃在科研第一线，是我所科研工作中的一支朝气蓬勃，富有创新开拓精神的生力军。毕业生就业率为100％，其中许多在国外一流的著名实验室从事博士后研究。留在国内工作的博士生，大多数已成为所在单位的科技骨干，有的已担任主要领导工作。

为培养具有创新能力的新药研究专门人才，上海药物所在研究生培养的各个环节坚持以提高质量为本，根据新药研究的发展和需要，调整优化扩展学科结构；开辟多种渠道，拓宽专业基础，在多学科交叉、融合的研究平台上培养研究生的创新能力，是上海市研究生学位论文评估的免检单位。

上海药物所是药学一级学科博士学位授权单位，现有招生专业：药物化学、药理学、药物设计学、药物分析学、药剂学。另有药学硕士专业学位授予点。