加强知识产权全过程管理和质量把控，知识产权创造、保护和转化运用态势良好，为实现创新发现的价值最大化奠定了坚实基础。“十四五”期间，累计申请国内专利935件、PCT263件、海外专利405件；获得国内专利授权586件，海外专利授权239件。发明专利申请量和授权量均在国内生物医药领域名列前茅。

根据《长三角区域创新机构发展研究报告》（2019-2023），对江浙沪皖的高等院校、科研机构的创新产出——专利进行分析，并从发明数量、发明质量、影响力、协同创新、全球化等5个维度评估，上海药物所稳居第一梯级；其中全球化指标中，上海药物所连续五年蝉联第一，以2023年为例：欧、美、日专利累计加总占比近18%，远超入选100强的均值水平（高校1.4%、科研机构2.1%）。