获奖年度	获奖名称	主要完成人	获奖类别	获奖等级	完成单位
1970年-01月-01日	提高耐药肿瘤治疗效果的药物输送系统研究	李亚平	第七届药明康德生命化学研究奖	学者奖	中国科学院上海有机化学研究所,中国科学院上海药物研究所
1970年-01月-01日	高效不对称碳-碳键构筑若干新方法的研究	林国强、徐明华、钟羽武、冯陈国、孙兴文	上海市自然科学奖	一等奖	中国科学院上海有机化学研究所,中国科学院上海药物研究所
1970年-01月-01日	靶向PI3K/mTOR抗肿瘤药物的研发和药效预测生物标志物的发现	蒙凌华	第七届药明康德生命化学研究奖	学者奖	中国科学院上海药物研究所
2013年11月		黄永焯	中国药学会-赛诺菲青年生物药物奖		中国科学院上海药物研究所
2013/8/1	针对自身免疫性疾病的创新药物研究	左建平、唐炜、李援朝、李英、赵维民、何珮岚、周宇、何世君、朱峰华、冯春兰等 ，杨晓倩，王桂凤，童贤崑，杨莉	中国药学会科学技术奖	二等奖	中国科学院上海药物研究所
2013/12/25	药物分子毒理学研究及新药安全性评价关键技术的应用和国际认可	任进、宫丽崑、戚新明、刘永珍、邢国振、金毅、李明、郑维君、栾洋	国家科技进步奖	二等奖	中国科学院上海药物研究所
2013/12/25	若干重要中草药的化学与生物活性成分的研究	岳建民、丁健、杨升平、张华、樊成奇	国家自然科学奖	二等奖	中国科学院上海药物研究所
2013/12/17		谢欣	中国青年女科学家奖		中国科学院上海药物研究所
2013/12/1	提高耐药肿瘤治疗效果的新型纳米载药系统研究	李亚平、尹琦、张志文、于海军、高瑜、沈佳楠	上海药学科技奖	一等奖	中国科学院上海药物研究所
2013/10/28		张翱	明治生命科学奖	科学奖	中国科学院上海药物研究所