为了提升科研支撑水平，研究所整合原各学科特种公共实验室，设立所公用实验室，包括放射性同位素室、公用仪器室、氢化实验室和病原微生物实验室四部分组成，服务全所的科研活动。

       同位素实验室共有7处，分别为：1、同位素实验室（一期5号楼114），设有4间同位素实验室、1间仪器室、1间放射性废物库、1间放射性废物暂存间，核素范围包括3H、14C、32P、35S；2、同位素实验室（一期4号楼135室），可使用3H、14C；3、PET-CT实验室（一期4号楼113室），有一台PET-CT（Ⅲ类射线装置），可使用89Zr、64Cu、24I、11C、13N、18F；4、辐照仪实验室（4号楼113室），有一台辐照仪内含一枚137CS（II类）；5、小动物辐照仪实验室（二期4号楼B1辐照仪室），有一台X射线辐照仪（Ⅲ类射线装置）；6、辐照仪实验室（二期4号楼1层动物房20号房间），有一台X射线辐照仪（Ⅲ类射线装置）；7、同位素实验室（二期4号楼地上一层、地下一层），地上一层有SPECT/CT显像扫描室、PET/CT显像扫描室、放射性标记细胞实验室，地下一层有动物切片扫描室、放射性药物合成标记室、放射性标记细胞实验室，有一台PET-CT（Ⅲ类射线装置），可使用3H、14C、11C、18F、64Cu等20余种核素。

      病原微生物实验室从事与病原微生物菌(毒)种、样本有关的研究教学等活动。我所目前共有两个生物安全2级实验室（BSL-2）备案运行，其中BSL-2实验室（松涛路）完成备案的病原微生物操作项目包括细菌和病毒的样本检测，细菌菌种包括金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、表皮葡萄球菌；病毒毒种包括水疱性口炎病毒、仙台病毒（鼠副流感病毒1型）、副流感病毒、单纯疱疹病毒、腺病毒伴随病毒、慢病毒（非高致病性）、新型冠状病毒、流行性感冒病毒（非H2N2亚型）、乙型肝炎病毒、登革病毒、埃博拉病毒、寨卡病毒。BSL-2实验室（海科路）完成备案的病原微生物操作项目包括细菌和病毒的样本检测，细菌菌种包括金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、表皮葡萄球菌、化脓链球菌；病毒毒种包括巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、人疱疹病毒8型、EB病毒、轮状病毒、乙型肝炎病毒、登革病毒、丙型肝炎病毒、其他的致病性黄病毒。

       在新冠疫情期间，购置了国产移动式BSL-3实验室（方舱型）用于基于活病毒的药物筛选，可为开展针对新发、突变高致病性病原体的药物研发工作给予必要的硬件支撑。2021年11月，实验室获得了CNAS颁发的实验室认可证书。2022年2月向国家卫健委递交了实验活动申请资料。目前正在积极与相关处室保持沟通，继续推进移动式生物安全三级实验室开展高致病性病原微生物实验活动的申请工作。

       氢化实验室负责管理氢化反应专用设备，除提供常压氢化反应条件外，还配有3台中压反应设备以满足所内科研人员的实验需求。实验人员必须经过氢化室安全使用培训，在氢化室管理人员的指导下使用。

       中国科学院上海药物研究所公用仪器室旨在保障所级通用仪器设备的合理高效使用，更好的服务和支撑研究所科研工作。该仪器室目前管理的主要设备包括超速离心机、多功能酶标仪、荧光定量PCR仪、病理切片设备、制冰机、纯水仪等。