国际合作是上海药物所实施国际化战略的重要工作，上海药物所按照“实质合作、注重实效、创新跨越、持续发展”的战略方针，积极开展国际合作与交流工作。

　　随着中国经济的发展和上海药物所科研水平的提高，国际合作从技术引进吸收走向共同合作创新，为药物研发达到国际水平、与国际标准接轨、参与国际竞争的进程服务。国际合作模式也从单纯项目转让向共同研发转变；从单边合作向共建联合实验室或研究中心转变；由被动转让向建立自己的国际转化平台努力。

　　与国际知名大学、研究机构、跨国制药公司开展从靶标发现到新药开发，从合作研究到成果转化等多领域、全方位合作；与加拿大渥太华大学共建“系统和个性化药理学联合研究中心”、与澳大利亚格里菲斯大学共建“药物发现联合实验室”、与法国施维雅共建“早期药物代谢和毒性评价联合实验室”；积极参与组建国际性非营利开发资源合作组织“GPCR研究联盟”。

　　在“一带一路”倡议指引下，积极拓展与“一带一路”沿线国家大学与科研机构的科技交流与合作渠道。参与中科院中亚中心建设；发起成立“泛巴尔干地区天然产物与新药发现联盟”、“中俄天然产物与新药发现联盟”；与塞尔维亚贝尔格莱德大学Sinisa Stankovic生物科学研究所、北马其顿圣基里尔和麦托迪大学药学院等签署合作备忘录等。