药物所药理第三研究室成立于 2006 年，涉及的课题组都是由曾留学国外多年的年青学者任研究组长，他们年富力强、富有朝气，其中有“ 国家杰出青年基金 ”获得者，已成为研究室不同研究领域的学术带头人。

研究室主要开展基于大分子－小分子相互作用的药物设计研究，以生物物理化学和结构生物学为主要研究手段，采用 “ 多学科交叉 ” 的研究策略，通过研究大分子三维结构特征及大分子与配体分子之间的相互作用信息，探索小分子调控及与之相关的生物信号传导途径。针对 II 型糖尿病、肝纤维化以及艾滋病等重大疾病开展相应的药物发现研究，同时也涉及在蛋白聚糖功能机制研究基础上的抗肿瘤和脑中风药物先导化合物的发现及其在药物研发中的应用研究；将现代生物物理技术（如表面等离子共振生物传感技术、高通量和高内涵筛选技术、热分析技术、 X －射线晶体衍射技术等）应用于药物筛选与评价研究中。近年来，研究室主持和参与了多项国家 “863” 和 “973” 项目、国际合作项目、国家杰出青年基金、国家自然科学基金、中科院重点基金以及上海市科委重点和重大基金等，研究所取得的科研成果已在新药研究中产生了一定的推动作用，在代谢类疾病（如糖尿病、高脂血症、肥胖症等）、 SARS 及感染（幽门螺旋杆菌及抗艾滋病）等创新药物先导结构的发现和优化研究中取得重要成果。